老友网干掉了魔王的两个部下，通过传送进了中央的大厅。在最里面见到了比内加，他还在叫索伊索和玛由妮，当然不会有人答应。比内加见自己就剩一人了，便坚定果断地使出绝技——脚底抹油。克罗诺一行经过讨厌的机关和艰难的空中楼梯(也能方便地过去)，总算追上了比内加。他的“作茧自缚”防御可十分“有效”，正面攻击显然行不通，其实只要打掉边上的四个绞盘，比内加就会掉下去。
接着就要与魔王决战了，魔王极为厉害。建议用克罗诺、青蛙、玛尔三人，这样有全体回复的二人技。对付魔王分为两个阶段，第一阶段用物理攻击的效果不佳，只能用魔王刚用过的那一系的魔法攻击才能造成较大伤害，如魔王刚用了天系的魔法，那就不能用天系以外的魔法攻击，一旦用错了就会适得其反。 第二阶段的魔王会解除防御，此时用任何攻击都管用了。
魔王被打败了，然而魔神拉沃斯却因此觉醒，产生了一个次元旋涡，大家和魔王都被吸了进去……
迷迷糊糊中，克罗诺仿佛听到玛尔在叫自己的名字，但清醒过来一看，原来是艾拉，自己又来到了远古，而魔王却不知去向了。大家休息了一天，第二天来到村西北的帐篷处，看到艾拉正与长老争论。原来吉诺去打恐龙人却被抓，艾拉想一人去救他，长老先前反对，但被缠不过，只好同意。大家根据长老的话到北面山上的普天兰之巢。这里又是山路，敌人大多攻速快但威力不大。到了山顶，看见艾拉正在召唤普天兰，克罗诺说要一起去，艾拉答应了，便又召唤了两只普天兰，一起飞向东南方的提朗城。
城内象迷宫一样，加上机关重重，路很难找。在监狱中，大家救出了基诺和村人。继续前进会再遇到一个感电怪，打它已有经验了吧。总算找到阿扎拉了，谈了一会儿，就听见传来了恐怖的吼叫声，原来是巨大的黑霸王龙，阿扎拉跳上了怪兽的肩，战斗开始了。建议用克罗诺、艾拉、青蛙或玛尔，这样回复容易些。先用大威力攻击把讨厌的阿扎拉消灭；大怪兽的普通攻击并不厉害，但防御力很高，可以在它用必杀技前的准备期集中攻击，因为这时它的防御力会减弱；在它用了必杀技后立即全体回复。
终于胜利了，阿扎拉倒在了地上，就在这时，一颗小星球般的红色球体飞到了地球(？)，而且好象要落在帝兰城的位置，幸好吉诺及时赶到用普天兰救了大家，球体砸毁了帝兰城。 “是拉沃斯，原来它是这个时代来到地球的。” “拉沃斯，厉害吗，克罗？”艾拉问，“走，看看去。” 三人到了被毁的城迹，看到又出现了一个时空门。艾拉将村子交基吉诺，与克罗诺等一起通过隧道来到了一个冰天雪地的世界，这时是B.C.12000年，古文明时期。克罗诺等通过天之道到了飘浮在空中的魔法王国吉尔，这儿有极先进的科学，魔法与科学被完美地结合在一起。这里有不少隐藏宝物，还有正在建造中的大飞机黑鸟号。
大家到达了最高处的吉尔宫殿，却无法打开正殿的门。去右边的房间，可以看见公主萨拉和王子嘉基，过一会儿会有一名侍女叫萨拉去正殿议事。再到正殿的门口，看到萨拉用一串项链开了门，克罗诺也如法炮制(项链是玛尔的)，却打不开，问问边上的人才知道萨拉的项链接受了魔神器——魔法王国的动力之源——的力量。于是克罗诺到左边的房间去让魔神器的光照射项链，再开门就能成功了。