老友网正殿内，吉尔女王正和萨拉等人议事，见三人进来，听说是异国人，便要抓起来。大臣达尔顿召唤出一个格莱姆和克罗诺等战斗，这种怪物有一种特性，就是你用什么系的攻击，它也会用这个系的技反击，所以尽量用水或火系的技，因为它的这两系攻击较弱，别用物理攻击，否则会吃大亏的。无论输赢，三人都将被打倒，然后被送到远古来的地方，并且来路也被封印。
大家想起用项链开的门上的纹章在未来世界也见过，于是克罗诺等又前往A.D.2300年。
通过地下水道迹，三人到了监视者之半球体，打开里面的纹章之门，就可以找到魔法王国三贤者之一的理之贤者嘉修的遗物——时之翼，就是一种时间飞船，它能来往于各个时间。现在可以打开封印的宝箱了。
乘座时间机器又回到了古文明时期，这时天之道已然封闭，大家前往北部的古代先民的洞穴。从洞中的先住民处了解到魔法王国的命之贤者由于反对女王建造海底神殿的计划，而被关在了漂浮在空中的悲伤之山上，克罗诺认为应该去救贤者。三人来到底层的洞穴中，经历几次战斗后，与老巢中的魔族交战，敌人除了单体攻击外没什么厉害的。
顺着铁链上了叹息之山，一直向上爬吧。到了山顶，只见一块水晶在一个平台上，水晶中似乎有人，正待上前，水晶消失了，出现了守护神，战斗有开始了。这个守护神很厉害，“两腕攻击”十分恐怖，建议用克罗诺、艾拉和青蛙三人，让克罗诺用“全力斩”攻击，其他两人用二人技作全体回复，先打掉它的左手(右边那只)，这样它就不能进行回复，也不能用“两腕攻击”了，然后抓紧时间进攻头部，因为手还会再生。好不容易消灭它了，命之贤者被救了出来，令大家目瞪口呆的是，命之贤者竟是博修！博修却不认识克罗诺等人。据博修说，由于魔神拉沃斯的影响，女王的正义之心消失了……正在这时，发生了山崩，原来博修的封印被解除，山已不具备浮在空中的魔力，落下去了。 大家总算脱险了，一起来到洞中。一会儿，萨拉带着嘉基来了，她也反对海底神殿计划，并请博修回王宫，正说着，王国的达尔顿出现，抓走了萨拉。博修请克罗诺将魔神器破坏，从而使女王恢复正义，并给了克罗诺一把刀。克罗诺出发了。来到魔法王国的王宫要与达尔顿打一仗，这个家伙不堪一击，逃到了海底神殿，克罗诺追了下去。
在神殿中有三种小精灵，按颜色分是天、水、火，只有用相应的魔法攻击才特别有效，所以要带上相应的伙伴。神殿的道路和机关都很麻烦，耐心地寻找路吧，别忘了墙边的门啊。又找到达尔顿了，他这回召唤了两只格莱姆。还是老办法，用全体水或火技攻击是很有效的。胜利后达尔顿又逃了，再向里走，可以看见吉尔女王和一干人正在魔神器前。眼看魔神器即将启动，克罗诺将博修的刀插了上去，魔神器化作一片白光消失了。过后，魔神拉沃斯出现在大家眼前，面对这强大的力量，克罗诺等终于不支而倒下了。这时，王国的预言者来了，他脱去外袍，原来预言者竟是魔王！魔王为了打倒它而化装成预言者等待机会，然而，魔王也不是拉沃斯的对手。世界就要被毁灭了，在这千均一发之迹，克罗诺挺身而出，用自已的生命减弱了拉沃斯的威力，但即使这样，魔法王国及其文明都从此消失了。