老友网亚特鲁击败加毕尔的复制体后，伊布鲁一家和妮娜被解放了出来。
没有了祭品，此时施放贤者之石的力量，克芬和外界的森德里亚将会一并毁灭，然而莉洁仍旧没有死心。
此时妮娜也前来劝说莉洁，因为克芬已经在500年前便因为被封印而灭亡了，因为使用炼金术确实可以给人们的生活带来便利，但是也会造成贤者之石的毁灭力量的爆发。（由此可见贤者之石有可能是纯度极高的、时之属性的结晶）。
莉洁对妮娜知道贤者之石的秘密一事感到不解与气愤。原来，妮娜的亲生父母就是被“审判”作为祭品而牺牲的，随后她便被奥维尔收养并被传授了炼金术。在修习炼金术的同时她也得知了炼金术的秘密，封印克芬王国正是为了使灾难不波及到外界。妮娜劝莉洁同大家一起回到外面的世界生活，但是莉洁仍旧幻想着以贤者之石的力量重振克芬王家，如果回到了外界，自己便不再是公主了。
看着执迷不悟的莉洁，妮娜露出了失望和同情的表情。
这时幕后的黑手，炼金术师加毕尔的影像出现，加毕尔蛊惑莉洁，复活克芬王国正是王家成员应做的事情。然而，他自己的目的才是占有克芬。
贤者之石是加毕尔过去在丛林中找到的，从那之后他便成为了强大的炼金术师，并排挤掉了时任王家顾问的奥维尔，并得到了莉洁的父亲克芬王的信任，渐渐掌握了国家的大权。
加毕尔口口声声称自己要创造理想的世界，但是这个“理想的世界”却是由他所统治的、世人全部为他服务的世界。他的妄想遭到了妮娜的反驳，恼羞成怒的加毕尔正要杀掉妮娜，在危急时刻斯坦挡住了加毕尔的一击。随后，妮娜以生命为代价造作着贤者之石，将亚特鲁传送到了加毕尔所在的异空间。妮娜最后拜托亚特鲁摧毁加毕尔的野心，并带着大家返回现实世界。
【加毕尔】
首先要攻击加毕尔放出的两个球体（官方称之为“细胞”），将球体击破后注意防御加毕尔放出来带有吸力引效果的烟雾弹，之后跳起攻击加毕尔，反复进行如上步骤可将其击破，顺便提一句，Boss的血很厚，专家版的话多带点儿药。
随着和贤者之石融合的加毕尔被打败，克芬开始了崩溃，由于亚特鲁、妮娜和莉洁都消失了，斯坦、伊布鲁一家同玛莎回合后只好直接逃离克芬。蒂拉相信亚特鲁一定会平安返回现实的。
斯坦在走向传送门的时候隐约听到了陶笛吹奏的声音，随后他看到了匆忙赶过来的亚特鲁。
突然亚特鲁脚下的地面坍塌了，幸好亚特鲁抓住了地面的边缘，在斯坦的帮助下，二人一同逃离了克芬。
随后克芬风化，变为了一片砂土。莉洁则在秘密设施中等待着毁灭，剩下生死未卜的妮娜留在了正在毁灭的克芬。
幻之都已然化为砂土，从此以后森德里亚地区的沙漠化也停滞了下来。幻之都，变成了失落的砂之都。
由于芙欧蕾丝塔和斯托卡在500年前被亚特鲁拯救了，芙欧蕾丝塔村中的预言石碑也变成了古代剑士的雕像而流传了下来。正在清理雕像的威利突然觉得这个古老的雕像有些像亚特鲁。
这时亚特鲁来到了芙欧蕾丝塔村，本打算去洞窟确认芙欧蕾丝塔和斯托卡是否平安获救，亚特鲁突然发现村中原本竖立着石碑的地方耸立一着一座和自己长相十分相似的雕像。