老友网光子离开后，敌人很快追上了博士。本来电脑奇侠想保护博士离开，但首领此时吹响了刺耳的笛子声，电脑奇侠变得非常难受，无法战斗。原来，在dark置造的机器人，都会被首领的笛声支配。首领吩咐电脑奇侠将博士带回本部，而电脑奇侠也按指示拉扯住了博士的衣服。但好在博士为其安装了有别于其它机器人的良心回路，在博士反复提醒他发动良心回路抵伉后，电脑奇侠内心不断地挣扎，就这样紧紧拉着博士衣服，直到机能停止。敌人顺势将电脑奇侠拉开扔一边，把博士带走了。
博士被带回去后，基路教授马上吩咐手下为其进行饿魔回路的手术，还命令手下将电脑奇侠也带回来。
男女主侦察到强烈的超声波笛声，也来到了现场，想一查究竟，却意外发现了昏倒的电脑奇侠。敌人此时也回来了，男主还以为是修卡，经对方自我介绍才知道出现了新的敌人。
击退敌人后，男女主将电脑奇侠带回店内。经过检檫，隼人惊叹电脑奇侠一开始就是一个被精心置造的机器人。而以立花老爹所知，能有如此技术的只有光名寺博士。隼人则表示博士已经失踪数年了，立花老爹也非常担忧新出现的敌人。泷和也则表示从以前所得的情报，敌人应该是一个叫dark的祖织。此时，老爹突然发现渡五郎和电脑奇侠的样子很相似（当然，两部特摄的主角都是同一个演员拍的），而渡五郎则从电脑奇侠带着的吉他内发现了藏着的设计图，隼人立即大喜，表示将他交给IQ600的本乡猛修理就好了。
旁白-本乡猛在母校城南大学开展起了电脑奇侠的修复和变身机能的设置工作。
学校内，本乡猛依照设计图帮电脑奇侠完成了修理，也赞叹设计图非法优秀，表示自己也是第一次看到良心回路被实际应用。不过，遗憾的是良心回路的设计图并未包含在内。而电脑奇侠则表示虽然良心回路不完整，但博士已经告诉了他3条在不完整状态下要遵守的规则。
此时，敌人突然出现，告诉电脑奇侠想救人就到地狱谷，本乡猛也表示要助一臂之力。
野外，电脑奇侠一来到，敌人就爆破了为他准备的地雷。但经过本乡猛的修理，终于可以变身的电脑奇侠并没有受到伤害。
战后，众人回到店内，众人商议应该优先对付死神博士（第一项），还是先救出光名寺博士（第二项）。选第一项下一话进入假面骑士支线，第二项进入电脑奇侠支线。
旁白-为对付拥有恐怖迫坏力的dark迫坏步队和寻找不完全体电脑奇侠的创造者-光名寺博士，众人开始了新的旅程。
新增角色：
电脑奇侠：虽然一直背着其标志性的红色吉他，却只会弹那么一小段。游戏里最悲催的角色，主要剧情出现在金属系线，所以在不以他剧情为主的生化系线只有1格攻击范围，一个远攻招式都没有。最可怕的是前期一直神龙见首不见尾，只有他能找到你，你却见不到他，还一直受到其宿敌困扰，一大部分剧情都会变得非常弱，加上命中回避本身就偏低，长时间内完成帮不上忙。话虽如此，但电脑奇侠变身所需力气最少，HP、防御力高的优点，金属系线适当改造后还是能一用的。