老友网回到现场，dark的敌人也随之登场。随后，首领也告诉电脑奇侠关于电脑黑魔脑袋的事，打败电脑黑魔就等于了结博士的性命，电脑奇侠受到此事的冲击，完全没法对电脑黑魔出手，面对电脑黑魔强劲的攻击，只好选择边跑边硬扛。
光名寺的脑袋被装在了电脑黑魔的头里！电脑黑魔是拥有光名寺天才头脑的dark战斗用电子人！怎么样，电脑奇侠？鲨死电脑黑魔的话，光名寺的脑子也就死了！即使把没有脑子的光名寺body救出去，同样会死！哈哈哈，dark的智慧很可怕吧？现在，你对光名寺和电脑黑魔都束手无策了！
旁白-面对基路教授所策划的残酷选择，电脑奇侠的良心回路得不到正确的搭案。但是，当电脑黑魔再次发起狙击时，电脑奇侠能跟他战斗吗？无法言喻的不安折磨着电脑奇侠的机械置造的内心。
怎么了，电脑奇侠？你不出手的话，我可要出手了！这把电脑黑魔枪的恐怖，你应该了解了，电脑奇侠！我的性格是不会原谅背转向我的敌人的。与你决斗我并不希望用腔，但是，你要是逃的话我就会开腔！
好在，几回合后，电脑黑魔再次受到换血的困扰，不得不离开了。
另一方面，BF团见势色不对，带着机器逃跑，草间大作马上去追了。而众人也顺利解救人质南十郎，但南十郎不相信众人，要求回答暗号（选第一个）。答对后，大作也成功将机器抢回，事情就此告一段落。
战后剧情
金属系
女主询问男主什么是护身符，男主说一时半刻很难解释清楚，总之就是一种持有人用于保护自己的东西。女主听后将它理解成是一种防护盾，而男主表示以一个人的心情来说，也可以这样理解，然后反问女主怎么突然问起这个了。女主回答说光子给了电脑奇侠一个防护盾，男主随即恍然大悟，但让他不解的是，出云大社是以结姻缘的神灵而闻名，作为人类的胜子给机器人送这样的护身符到底是什么意思。
（特摄中胜子喜欢着电脑奇侠，但电脑奇侠并没有回应这份情感。游戏剧情似乎是想借此暗示男女主最终也是有缘无份。）
生化系
女主看到胜子送给电脑奇侠的护身符后，向男主撒娇说也想要一个，男主便答应给她到附近买一个给她。但女主却说想要出云大社的护身符（出云大社以结姻缘著名），而男主一听到马上就甩手说不愿意了，还说这种护身符一点志向都没有。
旁白-落入dark手中的光名寺博士被基路教授用来作为打败宿敌电脑奇侠的秘密五器了。面对移植了光名寺博士脑袋的最强机器人电脑黑魔，电脑奇侠完全没法对他作出攻击！dark的猛攻即将要开始了。
通关后，光名寺胜子加入，移动力+1和运洞力+5可研发。
第12话 兄弟的羁绊（取材自超级机器人红巴隆第1、2话，电脑奇侠第3话，电脑奇侠01第1话）